En el laboratorio de biología molecular se utilizan técnicas que permiten clonar, aislar y modificar genes que codifican para proteínas de interés biotecnológico. Para esto se utilizan diversos organismos, especialmente extremófilos y hongos asociados a la producción de bioetanol. Además, se trabaja en la producción de vectores diseñados para introducir cambios en el metabolismo de células animales. Lo anterior se realiza usando técnicas como purificación de ADN, PCR, digestión con endonucleasas, mutagénesis y posterior transformación de organismos para la expresión recombinante. 

Por otro lado, actualmente se trabaja en el modelamiento de redes metabólicas con regulación génica con el fin de, a través de la ingeniería metabólica, diseñar las modificaciones genéticas a implementar posteriormente con técnicas moleculares.