El ICDB está ubicado en la Universidad de Chile, en la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas (FCFM), la Facultad de Ciencias (FC) y la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas (FCQF). Las tres Facultades proveen infraestructura y la Administración del Instituto está ubicada en la FCFM.

La FCFM, el Centro de Ingeniería Bioquímica y Biotecnología, y el Departamento de Ingeniería
Química y Biotecnología, proveen asistencia administrativa, asistencia secretarial, técnicos, mensajero y chofer.